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2009年9月 7日

ヒトゲノム計画

このプロジェクトは1990年に米国のエネルギー省と厚生省によって30億ドルの予算が組まれて発足し、15年間での完了が計画されていた。発足後、プロジェクトは国際的協力の拡大と、ゲノム科学の進歩(特に配列解析技術)、及びコンピュータ関連技術の大幅な進歩により、ゲノムの下書き版(ドラフトとも呼ばれる)を2000年に完成した。このアナウンスは2000年6月26日、ビル・クリントン米国大統領とトニー・ブレア英国首相によってなされた。これは予定より2年早い完成であった。完全・高品質なゲノムの完成に向けて作業が継続されて、2003年4月14日には完成版が公開された。そこにはヒトの全遺伝子の99%の配列が99.99%の正確さで含まれるとされている。

プロジェクトが加速したもう一つの理由としてセレラ・ジェノミクス社による商業的なヒトゲノムプロジェクトの存在がある。この企業はショットガン・シークエンシング法という新しい方式でシークエンシングを行い、新たに発見された遺伝子を特許化しようとした。しかしこれは公的資金によって進められているヒトゲノムプロジェクト(こちらを以下HGPとする)と拮抗してしまうことから、調整を図る為にバミューダで会議が開かれることとなり、作成されたデータについては作成から24時間を基本として全て公開して全ての研究者が自由に利用できるようにするという項目を含む、バミューダ原則(1996年2月)という形で合意が成された。最終的には、このような競争はプロジェクトにとって非常に良いものであったことが証明されたといえる。

ゲノムのドラフトは2000年6月に発表されたが、その詳細な情報についてはセレラ社もHGP側も翌年2月まで公表されなかった。2001年2月に、HGP側はNature誌の特別号で、セレラ社はScience誌でその配列に対する分析と、そのドラフトの構築に用いた手法の詳細が発表された。このゲノムのドラフトは全ゲノムのうちの約90%分の足場にはなると期待されており、そのギャップを埋めていくことで完成に近付けることになる。

各ドラフト配列は最低でも4回から5回はチェックされ、シークエンシングの完成度と精度が向上していく。ドラフト配列では約47%が高品質配列であったが、完成版では7-8重のチェックがなされ、エラー率は10,000残基中で1残基程度まで抑えられているという。

ヒトゲノムプロジェクトは、数ある国際ゲノムプロジェクトの一つに過ぎず、各ゲノムプロジェクトはそれぞれの生物のシークエンシングを行っている。ヒトのDNA配列の解読は確実な利益を我々にもたらす一方で、マウスやショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、酵母、線虫、また数多くの微生物や寄生虫などのモデル生物の配列解析の成果は生物学と医学の発展に重要な役割を果たすことが期待されている。

プロジェクトのゴール
HGPの目標は30億塩基対の高品質な配列を決定するだけでなく、この巨大なデータに含まれる遺伝子を見つけることも重要である。プロジェクトの予備調査では約22,000遺伝子が存在するとされているが、この数は多くの研究者の予測よりも遥かに少ないこともあり、現在でもこの調査は進行中である。HGPのもう一つのゴールはより高速かつ効率的なDNAシークエンシング法を開発し、それを産業化に向けて技術移転することにある。

今日、ヒトのDNA配列情報はデータベースに蓄積され、インターネットを介して誰でも利用することができる。ただし、これらのデータは何らかの解釈を加えなければほとんど利用価値が無いことから、これらのデータを解析するコンピュータ・プログラムが数多く開発されている。

単純なDNA塩基配列の中から遺伝子の境界を特定したり、何らかの特徴を見出す作業はアノテーションと呼ばれ、バイオインフォマティクスの得意とする分野である。現在でも最高品質のアノテーションを行うには生物の専門家に頼らねばならないが、その作業には大変な時間を要する。しかし、ゲノムプロジェクトのようなハイスループットなデータ生産の現場では、それに見合うペースでのアノテーションが必要とされたことから、コンピュータプログラムが利用されるケースが多くなってきたのである。現在、アノテーションに用いられている技術として最も役立っているのは、人間の言語の統計モデルをDNA配列解析に応用したものであり、形式文法などのコンピュータ・サイエンスから導入した手法を利用している。


『ウィキペディア(Wikipedia)』引用
ヒトのゲノムの全塩基配列を解析するプロジェクトということです。難しいですね。

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2009年7月21日

ウルシノキ樹液の採取

ウルシ科のウルシノキ(漆の木)やブラックツリーから採取する。ヤマウルシでもうるし成分は採れるが、量が少なく使わ

れない。

対象とする樹の幹の表面にV字型などの切り込みを付け、しみ出す樹液を、缶などを使って貯める。切り込みの溝にも樹液

が貯まっているので、これも合わせてかき集める。この様に集めた樹液を「あらみ」と呼ぶ。

うるし掻きの方法は、一年で樹幹の全体に傷を付けうるし液を採りきり、その後萌芽更新のため木を切り倒してしまう「殺

掻き(ころしがき)法」が主流である。植付後4?5年ないし6?7年の樹周が20cm内外になるころ、また、樹齢の大きいもの

では樹液がさかんに流動する5?6月ころから11月中旬に採液を行う。他には、数年に渡って採り続ける「養生掻き法」があ

る。

以下、殺掻きの採取法について記す。まず外皮を削りとり、樹幹の地上25cmの箇所から梢方に35cmほどの間隔で樹幹の一側

面に長さ2cm余の横溝をつけ(これを検付という)、次に反対面にもまた表面検付間のほぼ中央から検付をほどこし、梢方

に向かって表面と同様におこない、螺旋状に傷を付ける(幹囲22?25cmの樹では樹の一方の側面からのみ採液し、これを「

一腹掻」といい、幹囲27?45cmくらいのものは両面より採液し、これを「二腹掻」といい、幹囲のさらに大きいものは三腹

掻をおこなう)。

傷の長さは2?3cm、深さは6mm、検付の数は、周囲22?25cmくらいのものでは9?11箇所、検付が終れば溝の上部6?9mmばか

りの箇所にさらに横溝を付け、次に材部にまで達する傷を与え、流出する灰白色の乳状の液を漆壺内に採集する。 掻工は

、1日に全担当樹の4分の1を採液し、全樹の採液が終ったら元の樹に返り、旧検付の上方6?9mmばかりの箇所に横溝をほど

こして採液し、以上の作業を幾回も繰り返す。

溝の長さは回ごとに長くし、秋の彼岸までに十数回?二十数回の横溝を画して採液する(これを辺掻または本掻という)。

最下部は、表裏両面ともに検付の上下に横溝をほどこし、すると傷の配列は中央のくびれた鼓状をなすので、鼓掻といい、

辺掻と区別される。

辺掻で得た液は初漆(6月中旬?7月中旬までに採集したもの)、盛漆(7月中旬?9月中旬までに採集したもの)、末漆(9

月初旬?秋彼岸までに採集したもの)に区別される。

辺付が終ったら、検付の下部および幹の細い部分から採液し(この液は裏あるいは裏漆という)、さらに幹面不傷の部をえ

らんで採液し(この液を止あるいは留漆という)、また枝を伐採し小刀で傷を付け採液する。


『ウィキペディア(Wikipedia)』引用
採取はとても根気のいる作業なのですね。

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2008年3月27日

硫化水素の化学的性質

こんなに幅広く利用が出来るものだとは思ってなかったよ。
本当にすごいものなんですね。

空気より重く、無色、水によく溶け弱い酸性を示し、腐った卵に似た特徴的な強い刺激臭(腐卵臭とはそもそも硫化水素を主成分とする臭いである)があり、目、皮膚、粘膜を刺激する有毒な気体である。悪臭防止法に基づく特定悪臭物質のひとつ。

人為的な発生源には石油化学工業などがあり、また、下水処理場、ごみ処理場などにおいても、硫黄が嫌気性細菌によって還元され硫化水素が発生する。また糞、屁にも若干含まれる。

また、自然由来としては、火山ガスや温泉などに含まれる。空気よりも重いため火山地帯、温泉の吹き出し口などの窪地にたまりやすい。独特の臭気があるが、嗅覚を麻痺させる作用があるため、濃度が高くなると逆に匂いを感知できなくなる。このため、濃度が致死量に近づいているにもかかわらず、それと気づかないケースが多いので注意が必要である。火山周辺では警告の看板に注意する事が必要である。知らずに近づいた登山者や温泉客が死亡する例も見受けられる。また浴槽等で家庭用品を混合することで生成し、自殺に利用するケースが多発しているが、このような性質から、救助しようとした人間が巻き込まれたり、階下の住民が巻き添えとなることも考えられるため、絶対に行ってはならない

深海のチムニー周辺などに住む貝の一種であるシロウリガイにとっては貴重なエネルギー源となっている。

化学的性質
密度は 1.190 (空気を1とした値)、または 1.434 g/L で、空気より重い。水溶液 (硫化水素酸) は水硫化物イオン (HS−) と水素イオン (H+) に電離し酸性を示す。その水溶液はゆっくりと酸素と反応して単体硫黄を生じる。

硫化水素は金属イオンを含む水溶液と反応して、金属硫化物の沈殿を生じる。沈殿の色は、金属イオンの分解・検出の重要なポイントとなる。温泉街など硫化水素が発生しやすい場所では銀、銅などは持ち込まないようにと注意書きも見受けられる。

燃えると水と二酸化硫黄ができる。


引用『ウィキペディア(Wikipedia)』
相互リンク
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2007年11月11日

タイの華人って?

タイ国籍を持つ中国人だったんだね。
知りませんでした。

中国系といっても、タイ国内においては混血が激しいため、極端な意見ではタイ人で華人の血が流れていない人を捜すのが難しいとも言われる。混乱を避けるためここでは、「統計上に上り、華人を自称するタイ国籍保有者」を扱う。

なお、タイ北部には陸伝いで渡来したイスラーム化したホー族と言われる華人がいるが、ホー族は北部少数民族として扱われることが多いため、この項ではあまりふれないこととする。またに、同タイ北部には、中国の共産化によって難民として移り住んだ「国民党(クオミンタン)」と呼ばれる華人が存在するが、これもここではカウントしない。

タイ華人の形質としては、華南地方の中国人の血を引いているので、目は大きく、鼻が低く、華北地方の中国人と比べて、彫りが深いとされるが、タイ人ほどではない。肌は一般に土着のタイ人より白いが、ある程度形質の変化が進み多少は黒くなっている場合もあり、あるいは元々黒い肌の中国系もいる。当然ながらこれらは個人差があり、一様に言うことはできない。

タイの華人は、同化の傾向が大きく、タイ人であると言う意識の方が強いといわれ、中国人に対してもあまり目立った友好を示すわけではない。また、華人が3世代目、4世代目などになると、ほとんどタイ語を話すようになり、できたとしてもほとんど、祖父母と会話する際のみなどの、状況が生じている。これらのことから、タイにおける華人はタイにおおむね同化して来ていると言える。

引用『ウィキペディア(Wikipedia)』
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